1、如果分公司與總公司由同一稅務機關管理，稅務機關對于分公司采用備案制，分公司無法取得自己單獨的稅務登記證。因而無法自己開具發(fā)票。如果分公司可以自己取得稅務登記證，由于不動產(chǎn)發(fā)票的購領需要提供房屋預售證與規(guī)劃許可證，經(jīng)過與稅務機關的溝通，常規(guī)情況下，提供總公司的預售證與規(guī)劃許可證是無法領購分公司抬頭的發(fā)票。

因而，我們可以得出結(jié)論，常規(guī)情況下，由于項目立項、規(guī)劃、施工、預售都是總公司的抬頭，是無法以分公司名義開具發(fā)票對外經(jīng)營。只能以總公司名義購領發(fā)票對外銷售。

2、分公司對外支付成本費用，取得分公司抬頭的票據(jù)，企業(yè)所得稅是明確的，不存在稅務風險。

但是土地增值稅對于這種問題沒有明確的規(guī)定，土地增值稅以立項或者規(guī)劃分期作為清算單位，而立項人與規(guī)劃人都是總公司，因而總公司是土地增值稅清算人，這時發(fā)票是分公司存在著瑕疵。由于土地增值稅涉稅金額巨大，目前經(jīng)過與多位稅務實操官員的溝通，部分認同可以參照企業(yè)所得稅的規(guī)定，而部分則提醒存在著不確定性的稅務風險。

如果收入以總公司名義開票確認，成本取得分公司抬頭發(fā)票，這種情況需要個案處理存在很大的不確定性。

因而綜上所述，如果土地增值稅風險可以提前溝通明確，則可以以分公司支付成本取得發(fā)票。

否則，則應以總公司的名義進行運作，以總公司的名義開具多個帳號、制作多個合同專用章或者多個公章，并以數(shù)字進行標識，以劃清內(nèi)部的權(quán)利與義務。僅項目開發(fā)業(yè)務不需要成立分公司進行運作。

項目開發(fā)外的業(yè)務可以通過分公司的名義運作。